指定試験機関における無人航空機操縦士試験の手数料は、航空法（昭和27年法律第231号）第135条第１項の規定に基づき、国が航空法関係手数料令（平成９年政令第284号）及び航空法関係手数料規則（平成９年運輸省令第58号）により定めた額となります。
なお、登録講習機関における講習の受講料については、各登録講習機関にお問い合わせください。
学科試験
| 種別 | 手数料 |
|---|---|
| 一等学科試験 | 9,900円 |
| 二等学科試験 | 8,800円 |
実地試験
| 機体の種類 | 等級 | 試験の種類 | 手数料 |
|---|---|---|---|
| 回転翼（マルチローター） | 一等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 22,200円 |
| 限定変更 | 20,800円 | ||
| 二等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 20,400円 | |
| 限定変更 | 19,800円 | ||
| 回転翼（ヘリコプター） | 一等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 22,600円 |
| 限定変更 | 21,200円 | ||
| 二等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 20,900円 | |
| 限定変更 | 20,300円 | ||
| 飛行機 | 一等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 23,800円 |
| 限定変更 | 22,400円 | ||
| 二等 | 基本（昼間・目視内・25kg未満） | 21,500円 | |
| 限定変更 | 20,900円 |
- 基本とは、昼間（日出から日入までの間）に目視内（目で見える範囲）にて最大離陸重量25kg未満の機体を飛行させるために必要な技能を測る実地試験です。
- 限定変更とは、以下のいずれかの限定を解除するために必要な実地試験であり、「夜間飛行」・「目視外飛行」・「最大離陸重量25kg以上の機体での飛行」のいずれかの飛行を実施する方は各実地試験が必要となります（それぞれの限定を解除するための講習を登録講習機関にて受講・修了した場合は、その内容に応じた実地試験が免除になります）。
- 昼間飛行の限定（日出から日入までの間のみ飛行させることが可能）
- 目視内飛行の限定（目で見える範囲でのみ飛行させることが可能）
- 最大離陸重量25kg未満の機体限定（最大離陸重量25kg未満の機体のみ飛行させることが可能）
身体検査
| 受検方法 | 手数料 |
|---|---|
| 書類での受検 | 5,200円 |
| 会場での受検 | 19,900円 |
- 書類での受検とは、受験者が以下のいずれかの書類を提出することで書面にて身体検査を受検する方法です。
- 自動車運転免許証（自動二輪免許、小型特殊免許及び原付免許を除く。）
- 指定航空身体検査医による航空身体検査証明書
- 無人航空機操縦者技能証明書
- 医師の診断書（指定の様式あり）
- 会場での受検とは、受験者が指定試験機関が準備する会場で直接身体検査を受検する方法です。